我国微生物肥料的研究、生产和应用已有近80年的历史，虽经历了几次大的反复，近20多年来又处于一个稳定发展的阶段。尤其近十年，是我国微生物肥料产业快速稳定发展的黄金时期，更是产业培育壮大和产业影响力形成的关键时期。
截至2019年3月底，我国已有微生物肥料企业2300家（含境外28家)、产能达3000万吨、登记产品6600余个、产值400亿的产业规模，标志我国微生物肥料产业的形成。微生物肥料现已成为新型肥料中年产量最大（占70％以上)、应用面积最广的品种。
快速发展的主要原因是国家绿色农业发展的需求，以及微生物肥料在可持续农业中表现出其独特和不可替代的作用。可以预料，我国微生物肥料产业已步入良性循环，并向健康、有序、持续方向发展，在农业绿色发展和新科技创新的大形势下，必将会在农业生产中发挥更大的作用。
我国的微生物肥料具有品种种类多、应用范围广的特点。目前在农业部登记的产品种类有三大类12个品种。在登记产品中，各种功能菌剂产品约占登记总数的40％左右，复合微生物肥料和生物有机肥类产品各占大约30％；使用的菌种超过170个，涵盖了细菌、放线菌、真菌和酵母菌各大类别。
微生物肥料使用效果逐渐被农民等使用者认可，微生物肥料的应用效果不仅表现在产量增加上，而且表现在产品品质的改善，提高肥料利用率，降低病（虫）害的发生，保护农田生态环境等方面。
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