我国农民有生产和使用农肥的传统及习惯。传统方法生产农肥是厌气性发酵，而用岛本酵素菌生产的有机质发酵肥料（岛本酵素扩繁菌肥）及用岛本酵素扩大菌发酵的各种堆肥都是好气性发酵。尽管用的原材料大体相同，但由于用的生产方法截然不同，其发酵产物也大不一样。两种生产方法中经发酵分解的产物如下表：
有机物料进行好气性发酵后，淀粉（糖分）、蛋白质、脂肪和纤维素分解成麦芽糖、葡萄糖、氨基酸等有利于作物吸收的营养成分，以及二氧化碳和水。而进行厌气性发酵，同样的物质则分解成酪酸、甲烷（沼气）、吲哚和硫化氢等对作物根部有害的物质。
因此，为提高肥效，减少对作物根部的危害，应大力提倡用好气性发酵方法生产农肥，推广应用岛本酵素菌有机质发酵肥料。
微生物的生命活动和发酵过程中，既需要氮素营养，也需要碳素营养和一些微量元素，一般以C/N为1：25~30为宜，因此发酵秸秆时最好搭配一些鸡粪、饼肥或尿素等。
水分是制作堆肥的关键条件之一。水分过多，通透性变差，易变成厌气性发酵；如果水分太少或有机质未吃透水，往往导致堆肥内部脱水和异常高温杀死部分有益菌。经过多年经验得出材料含水率控制在55%~60%之间为宜。
发酵堆肥温度应在45℃以上，70℃以下，保持在50℃~60℃为宜。堆内温度过高或温度上不来都是不正常现象。针对这种情况要及时翻堆，保持良好的好气性发酵，这是岛本酵素堆肥的核心。
发酵堆肥时，岛本酵素菌群中的好气性细菌、丝状真菌吸收材料中的氧气进行生理活动，分解成碳水化合物，并释放出二氧化碳气体，同时产生发酵热，进而促使堆置材料的进一步分解和发酵。
然后，在酵母菌的作用下，糖化的碳水化合物形成了酒精。这些物质为放线菌提供充足的营养，促进对纤维质的分解。在发酵堆肥过程中供给充足氧气的条件下，好气性细菌、丝状真菌、酵母菌和放线菌快速繁殖，菌量大增，使配料不断分解、发酵和熟化，最终形成优质的堆肥。
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