酵素菌技术应用于养殖业，主要用于生产酵素菌饲料添加剂和酵素菌发酵饲料，同时也可以发酵畜禽粪便，净化饲养环境。
酵素菌发酵饲料的优点：
1、发挥着健康源泉的重大作用。
使用酵素和酵素饲料对家畜的健康生长和提高耐病性方面具有很大的作用。
2、降低粪便的臭味，减少畜舍、鸡舍臭味对环境的公害。
3、增进食欲和顺利排泄粪便
（1）酵素发酵饲料能够增强嗜好性。本发酵饲料具有甜食味和酯味（酒精发酵味）。
（2）发酵饲料中能生成有益物质。
本饲料中含有多种酵素如淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶等，能帮助畜禽消化。
4、作为家畜的副营养素，生成最重要的维生素群。
5、促进胆固醇和脂肪代谢作用，发酵生成物能提高家畜的繁殖能力。
酵素的效果
1、能够挖掘出尚未开发的饲料价值，即降低价格节约喂饲成本。
2、利用酵素菌体改消化率。
3、酵素饲料可增加饲料中粗蛋白的含量。
菌体蛋白本身可直接作为畜禽饲料的重要蛋白。
利用酵素发酵的目的
1、为了降低成本（饲料成本、提高生产率能早期育肥）。
2、保持家畜健康成长（产品的安全性）。利用酵素菌发酵饲料中的第一目的是在于降低生成成本。第二目的利用酵素菌发酵饲料使家畜健康生长，消除生理障碍和机能障碍，提高家畜的耐病性，即家畜健康保全效果和品质的安全性。
酵素发酵饲料的喂养效果 
　　 以养鸡、牛为例： 
　　 ⑴提高产蛋率：产蛋率提高10%-20%。 
　　 ⑵减少坏蛋：破损蛋率减少到0。5%。软皮蛋率减少到大约2%以下。 
　　 ⑶死亡率：同于传染病和发育不良而造成的死亡率几乎为零。 
　　 ⑷早期育肥：酵素发酵饮料的营养价值和营养成份均衡，所以早期肥育的效果很好。 
　　 ⑸减轻粪便的嗅味：不仅改善臭味，而且改善环境。 
　　 ⑹提高耐病性：由于酵素的各种效果使家畜体力大幅度增强，从而减少了传染病及瘟病的发生。 
⑺改善了蛋质:使用酵素发酵饲料十天后,改善了蛋的营养成份,味道鲜美,同时减少了鸡蛋的异味道. 
　　 ⑻改善肉质:发酵饲料使营养所需达到平衡,从而生产出味美鲜嫩的肉质. 
　　 ⑼延长产蛋期:产蛋期可延长从产蛋开始到580天左右,根据品种不同,也有维持到610天的记录. 
　　 ⑽提高孵化率:因为成鸡的营养状态良好,所以受精率提高,也因孵化蛋的营养平衡好,提高孵化率. 
　　 (11)减少营养添加剂用量:酵素发酵饲料中,存在着比混 合饲料中添加营养剂还多的营养成份,而且消化吸收率很高,所以能大量减少混合饲料中营养添加剂。
(12)减少饲料中的药物：用酵素菌发酵饲料喂养使雏鸡、成鸡而得到健康成长，故几乎没必要使用药剂，并且还具有防止传染病蔓延的效果。
（13）驱除病原菌:同于长期使用酵素菌发酵饲料,使整个鸡舍都驱除病原菌的有益菌。从而使鸡舍对有害菌产生了很强的耐菌性。
（14）增加奶牛的产奶量：加喂发酵饲料添加剂之后经10日左右便会体现增加奶产量的效果。