制造固体微生物肥时一般用有机载体为好，如麸皮、秸秆粉、果渣粉、草炭等，不主张使用无机载体。使用黏土石粉等无机载体的微生物肥料施于田间效果慢，如果遇上缺乏有机质的田块，又仅仅使用化肥时，纯微生物肥用到这种农田里效果较难发挥。发酵完全的有机肥中添加微生物是十分合理的复配，对农作物产量、品质、生态环境保护、荒漠化防治都有好处。
有些企业为了提高肥效，往往在生物有机肥制造过程中添加化肥。这种生物有机无机复混的肥料，即是复合微生物肥料。该种肥料速效和缓效兼顾，有明显的增产效果。过分强调氮磷钾养分有多么高是不妥当的，因为我国化肥的平均有效营养成分含量在50%左右，过多加入化肥，影响三元复混肥中有机肥含量和微生物肥的有效菌存活率。复合微生物肥料的氮磷钾养分控制在15%以内，效果与价格比最好。同样的原因，标注氮磷钾有效含量接近50%的有机无机复混肥，实际上就是化肥，有机肥没有添加的空间了。农业科研部门的试验结果建议，有机无机复混肥的氮磷钾养分含量，不宜超过25%为好。
液体微生物肥料在制造厂内一般都已配好，可以直接单一施用。如与其他农资商品同时使用，应注意尽量不要往液体微生物肥中加化肥。注意包装标贴上说明不能同时混用的农药。液体微生物肥与固体有机肥混用效果非常好。在纯化肥组成的复混肥颗粒外面喷液体微生物肥是欠妥的生产工艺，该工艺影响微生物肥的有效活菌数。建议化肥与有机肥复混后造粒，然后在有机无机复混肥外面再喷微生物肥，这样有效活菌数的存活率较高。也可微生物肥先行用有机肥吸附，再和无机化肥复混，但要注意烘干温度不宜太高。
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