微生物肥料可采用拌种、移苗蘸根、喷施、滴灌、浇灌、穴施、沟施、拌土撒施再耕匀等施用方式。适宜的施用方式需要依据产品剂型、产品功能特点、作物营养需求和土壤状况、农艺操作方式等确定。
微生物肥料剂型有液体和固体两种，一般来说，固体剂型比液体剂型便于运输和贮存。如果固体剂型中的载体得当，保存时间也比液体的长，使用时应注意保质期。
液体菌剂用于拌种、移苗蘸根，一般稀释10~20倍；用于喷施、滴灌、浇灌可稀释100~200 倍，如果配合浇水也可稀释 500～800 倍。水培液中用循环培养液稀释 800~1000倍使用。
固体菌剂可用清水浸泡后根据具体需要，再用清水稀释相应的倍数后使用。固体剂型可直接用于穴施、沟施、撒施，施后覆土浇水。如果仅撒施不覆土，又不与土拌匀，会影响使用效果。用于贫瘠土壤，偏酸、偏碱性的土壤应和有机肥共施，用量要大些。做基肥可和有机肥拌和后使用，用量参考产品说明书。如作喷施、滴灌，应选液体剂型，并且注意选用没有沉淀堵塞喷头和滴灌头的菌剂。追肥一般使用喷施和滴灌方法。追施次数由庄稼生长状况而定。喷施最好喷在叶子背面，这样肥料效果好。追肥一般每亩每次使用菌剂200~500毫升，稀释适当倍数后使用。
作基肥使用的可和有机肥一道使用。作追肥的一般在发棵或开花前追施，对草本类的作物在开花后现果时再用一次，对果蔬类口感的提高影响较大。对机械化作业的大农场，在秋收时可于秸秆粉碎时用菌剂喷施于秸秆上，然后翻入土中。春播时采用造粒的微生物肥与机播种子一道施入田间，或用菌剂包衣的种子播人田间。
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